blast序列比对 blast比对结果解读

blast(basic local alignment search tool)是一套在蛋白质数据库或dna数据库中进行相似性比较的分析工具.blast程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较.blast结果中.

Basic BLAST 根据需要选一个(见下面),点击进入就行了.如果你是要确定是哪种菌,就近第一个Blastn.序列粘贴或者导入,其中Choose Search Set中的Database你.

.打开BLAST 页面,www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 打开后如图所示:对上面这个页面进行一下必要的介绍:BLAST 的这个页面主体部分(左面)包括了三部分:.

不太明白你想问什么.用vector NTI等软件可以对两个序列进行序列比对,给出的positive值就可以看出同源度了.若同时拿家族中3个序列进行比对,就可以得到进化树,更直观一点.

1)输入fasta格式序列 2)选择核算比对

包括了三部分:BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST、Specialized BLAST.可以认为这是三种序列比对的方法,或者说是BLAST 的三条途径.第一部分BLAST .

部分区域相似,且相似度很低.分值越高越相似

1. 引物设计前blast比对,提醒下这是一个错误的认识,因此,要区别同源比对和验证比对,在对感兴趣的基因设计引物时,用的是同源比对,就是把物种上”近亲“的某个基因序列进行blast alignment,然后找出他们的保守片段,或者保守区间,在保守区间内设计引物,通过PCR扩增出来的成功率较高.这就是意义.2. 设计引物的步骤:a-同源比对找出保守区或片段,将保守片段复制出来保存为fasta格式;b-NCBI有个primer-blast,输入你复制出来的序列,然后设置你需要扩增的片段长度,点击提交按钮就可以得到候选引物;c-使用primer premier,详细方法网上很多,不再敖述

NCBI上有一个primer blast,把引物放上,选好物种,看看有多少扩增产物

可以四个一起.网页上有说明“Enter one or more queries in the top text box and one or more subject sequences in the lower text box. Then use the BLAST button at the .