RNA-seq的文库制备是什么意思？

转录组测序和RNA-seq的区别是什么

两者是同一个概念.转录组测序亦称RNA-Seq(RNA Sequencing),是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本.相对于传统芯片而言,转录组测序无需预先设计探针,即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测,能够提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具.

microarray rna-seq是什么意思

首先呢,这个你不能在外语学习里提问,这属于生物学领域的术语.microarray:直接翻译是“微阵列”,可以翻译为“基因芯片”RNA-seq 一般不翻译,可以翻译为“RNA测序”或者“转录组测序”

RNA-seq的应用领域

rna-seq即转录组测序技术,就是把mrna,smallrna,and noncoding rna等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来.反映出它们的表达水平.

RNA-seq 如何进行转录组数据分析?

如果有注释较好的参考基因组的物种,可以直接将rna-seq的数据比对到基因组上,也可以比对到从基因组注释出来的基因上,或者先比到基因组上再预测基因(也就是经典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程).若没有注释较好的参考基因组,建议先用转录组序列从头组装(推荐trinity),再把从头组装的序列作为参考转录本,将rna-seq数据比对到从头组装的序列中.或者把从头组装的序列和对应物种的ncbi unigene的序列整合在一起,去冗余之后再作为参考转录本.

单细胞测序 rna-seq 哪个更准

单细胞测序和RNA-seq是应用在不同研究中的两种测序类型,只看适不适合,没有那个更准的问题,单细胞测序主要应用在细胞分化、发生、发展、演化过程中的突变等,如癌症的组织差异性,干细胞的分化、细胞重编程及转分化等过程及相关的基因调节网络等,单细胞测序也有全基因组测序和转录组测序两种;RNA-seq主要用于组织或器官等RNA的表达情况,如功能基因的表达上调及下调分析,转录因子的表达水平等.

如何做rna seq 的peak图

样品提取总RNA后,对于真核生物,用带有Oligo(dT)的磁珠富集mRNA,对于原核生物,用试剂盒去除rRNA,向得到的mRNA中加入Fragmentation Buffer使其片断成为短片段,再以片断后的mRNA为模板,用六碱基随机引物(random hexamers)合成cDNA第一链,并加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I 合成cDNA第二链,经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加 EB缓冲液洗脱经末端修复、加碱基A,加测序接头,再经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段,并进行PCR扩增,从而完成整个文库制备工作,构建好的文库用Illumina HiSeq2000进行测序.

microarry 和 rna-seq的区别

microarry用于检测已知序列的样本,rna-seq已知序列和未知序列的样本都可以测序;microarry比较便宜,rna-seq相对较贵;芯片相比于测序,最大的优势在于对于低表达丰度基因具有较好的检测灵敏度与准确度,因为探针的排布是有选择的;而测序,即便在建库过程中进行了均一化,所检测到的肯定还是高丰度基因占数据绝大多数;测序的准确性高,而且能够获得的信息更丰富.

RNA-seq比对到转录组

如果有注释较好的参考基因组的物种,可以直接将RNA-SEQ的数据比对到基因组上,也可以比对到从基因组注释出来的基因上,或者先比到基因组上再预测基因(也就是经典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程).若没有注释较好的参考基因组,建议先用转录组序列从头组装(推荐trinity),再把从头组装的序列作为参考转录本,将RNA-SEQ数据比对到从头组装的序列中.或者把从头组装的序列和对应物种的NCBI unigene的序列整合在一起,去冗余之后再作为参考转录本.

请教一个问题 一般的RNA-seq能不能检测到miRNA了?? 检测miRNA.

不能,miRNA成熟体太短了,在20~24nt左右波动,首先建库前可能就没有将Total RNA中的miRNA保留下来,更不可能去测了,所以通常所说的RNA-Seq就是测一下mRNA而已.要检测出miRNA,在前期样品提取、样品建库过程上有所改变.

如何从RNA-seq结果分析差异表达

倍数变化过滤会忽略很多高表达基因的变化edgeR和DEGseq对于你这种数据得到的结果都是假阳性比较高的.所以你两个结果差异大还得加上BH check FDR 在5%以下